Sistem halaqah pengajian Rasulullah saw bersama para sahabat baginda adalah merupakan sistem warisan yang sambung menyambung diteruskan hingga ke hari ini. Para sahabat pula meneruskan sistem tersebut bersama para tabien. Halaqah pengajian para tabien seperti Sidna Hasan Basri, Imam Abu Hanifah dan lain-lain, seterusnya halaqah para tabiثى-tabien seperti Imam Malik, Imam Syafie, Imam Sufian Sauri, Sufian Uyainah, Imam Ahmad Hambal dan lain-lain.
Setiap zaman mempunyai sistem warisan halaqah yang tersendiri sebagai obor menyemarakan keilmuan Islam dan ilmu keduniaan untuk menyahut tuntutan agama supaya mencapai kejayaan di dunia dan akhirat. Dalam catatan sejarah telah terukir nama kegemilangan ‘Madrasah Sultan Nizamul Muluk Baghdad’ di mana salah seorang tenaga pengajarnya ialah Imam Ghazali. Begitu juga ‘Sistem Halaqah Masjid Qarawiyyin’ di Margribi, ‘Halaqah Jamiah Al-Azhar di Mesir. Manakala di Makkatul Mukarramah sistem halaqah di dalam masjid yang mulia itu, terdiri daripada pengajar-pengajar yang begitu mahir daripada pelosok Negara Islam bertumpu di sana untuk menghamburkan pelbagai bidang ilmu. Di sinilah kebanyakan ulama nusantara kita mencebok ilmu warisan tersebut.
Warisan sistem ilmu Halaqah yang diperkenalkan di nusantara sekitar 1400M seperti di Samudra Pasai pada zaman Malikusalih, di Jawa oleh Wali Songgo dan di Negara Patani Darussalam (sekarang selatan Thai) di zaman Syeikh Syafiyuddin, pendakwah berketurunan Arab yang datang daripada Pasai (Aceh). Sistem ini merupakan sistem pembelajaran yang awal-awal di Tanah Melayu sebelum kedatangan British. Telah terukir dalam catatan dairi sejarah bahawa daripada sistem inilah, lahirnya para ulama nusantara yang bertaraf ulama antarabangsa. Antara mereka ialah Syeikh Wan Ahmad B. Wan Mohd Zain Al-Fatani (1856-1908M) bergelar ‘Asadu Mekah’ (Singa Mekah) kerana kealimannya menguasai 47 bidang ilmu, peniup semangat jihad anak bangsa, sebagai wakil pentashih kitab-kitab agama untuk kerajaan Othmani, juga wakil pemerintah Mekah untuk menyelesaikan masalah berbangkit dalam dunia Islam dan lain-lain lagi tokoh ulama nusantara kita.
Selepas meninggalnya Syeikh Wan Ahmad di Mekkah, sistem ini diwarisi oleh jenerasi murid-murid beliau seperti Tok Kenali (Mohd Yusuf B. Ahmad 1868-1933M), sebagai wakil jurubahas pihak gurunya dalam permasalahan berbangkit di perhimpunan ulama di Mesir, pengarang ‘Majalah Pengasuh’ (untuk meniupkan semangat agama dan kemajuan bangsa Melayu) dan pengasas ‘Majlis Agama Islam Kelantan’ dan kemudian diwarisi oleh jenerasi seterusnya sebagai kader-kader warisan yang bergelar ‘Ulama Pewaris Nabi’. Merekalah pelita menyinari alam semesta dengan cahaya Islam di mana mereka mewarisi tugas Nabi saw membentuk ummah supaya berpegang dengan syariat Allah Taala.
Syeikh Wan Ahmad B. Wan Mohd Zin dalam kitab Hadiqatul Azharnya; m/s 18, menyatakan beliau pernah mengunjungi Negara Islam Turki dan Mesir serta melihat sendiri keperihatinan bangsa kedua Negara tersebut dalam bidang ilmu agama dan keduniaan sehinggakan beliau merasakan bangsa melayu jauh terkebelakang. Ketinggian pencapaian ilmu agama dan dunia dapat dikuasai dengan begitu cemerlang sekali dalam usia yang tidak baligh lagi. Keperihatinan yang begitu maksimum daripada pemerintah dan hartawan setempat dalam memartabatkan sistem warisan madrasah amat mengkagumi beliau. Lantaran beliau menyatakan:
“ Maka kasih (suka/ingin) hamba menceritakan setengah (antara) perkara yang berlaku di negeri Istanbul (ibu negeri Turki), Mesir dan lainnya berkenaan keperihatinan dengan ilmu. Maka adalah raja-raja mereka itu membina beberapa madrasah yang besar-besar dan dihiasi dengan segala hiasan yang sangat indah-indah pada segala mata dan cenderung segala hati kepadanya, lagi jadi bersih (lapang/tenteram) kecerdikan dan gemar segala aqal pada menuntut pelbagai ilmu di dalamnya (madrasah tersebut). Demikian lagi orang-orang yang kaya (hartawan) membina satu madrasah atau lebih di setiap kampung, dihiasi dengan hiasan yang elok dan diwakafkan beberapa tanah, rumah atau lainnya. Diambil sewa dan manfaat (kehasilan perkara tersebut) untuk dibelanjakan kepada kemaslahatan madrasah dan diberi gaji para pengajar dengan kadar yang mencukupi…..” (nukilan secara ubah kepada bahasa Melayu moden).
Selepas beliau menceritakan kehebatan ilmu dan kecerdikan pelajar-pelajar muda madrasah tersebut seolah-olah ada malaikat yang menjawab bagi pihak mereka ketika diajukan soalan serta kehebatan majlis soal-jawab ilmu para pelajar yang dihadiri raja, pembesar, orang kenamaan dan rakyat jelata serta pemberian hadiah yang mahal dan alat-alat canggih oleh raja, beliau meluahkan pula isi hatinya:
“ Dan adalah dalam hati hamba risau dan benci dengan sebab ‘ihmal’ (meluputkan/membiarkan) dan mensia-sia (oleh) bangsa kita ahli (penduduk) Tanah Melayu dan ahli ‘Tanah Bawah Angin’ (Indonesia) dan segala raja dahulu dan sekarang yang muslimin dan segala mereka yang kaya (hartawan) tiada memperduli mereka itu seumpama perkara tersebut hingga jadi terkemudian (terbelakang) sekurang-kurang (selekeh-lekeh) ‘Gah’ bangsa (kita) dengan nisbah (bandingkan) kepada bangsa yang lain….” (nukilan secara ubah kepada bahasa Melayu moden).
Kelainan sistem ini adalah keakraban pertalian Tuan Guru dan murid-murid, di mana situasi ini diwarisi daripada sistem pengajian Rasulullah saw bersama para sahabatnya. Kelainan dan keunikan sistem ini yang begitu ketara adalah kerana pelbagai lapisan dan status masyarakat Islam dapat mengambil manfaat dengan keilmuan, tarbiah dan program-program keagamaan yang dijalankan oleh pihak Madrasah Warisan tersebut. Kerana inilah sistem halaqah ini sebagai Pusat Keilmuan, Pentarbiahan dan Dakwah yang begitu penting dan perlu dikemas kini dengan pembaharuan yang dapat meningkatkan maksimum prestasinya dan dijagai supaya terus berperanan untuk membentuk masyarakat.
Pengajian secara talaqi melalui madrasah dan liqa’ amat penting supaya suatu ilmu adalah berdasarkan faham yang sahih dari sanad yang sahih dan sumber yang betul sampai kepada empunya kitab dan salsilah sampai kepada Rasulullah SAW. Ulama Pewaris Nabi iaitu wali mursyid adalah saranan keperluan tuntutan umat Islam mencarinya. Agar nur barakah berterusan dari[ada yang alim dalam pelbagai bidang ilmu termasuk ulum addin. Teras pengajian Islam akidah, feqh dan tasawuf dan pentingnya bermazhab dan bertariqat iaitu dalam mengaplikasikan ulum addin. Ilmu warisan nabawi dan sistem liqa’ serta halaqah masih utuh dan berkesinambungan kerana inilah sistem pengajian ulum addin namun pesanan ulama’ walau seberapa banyak menuntut ilmu jangan lupa dengan amalan penyucian kalbu justeru peri pentingnya amalan tariqat yang menjadi nadi kepada ajaran Islam. Justeru sejak berzaman ianya menjadi amalan kebanyakkan ulama apatah lagi sekiranya ulama itu pewaris nabi SAW. Demikian pentinya mempunyai guru mursyid dan hubungan sesama ikhwan yang membentuk rantaian liqa’ dan halaqah serta ukhuwwah Islamiah.